人工回收
沉降于发酵罐底部的酵母，可粗分为三层。
上层多为轻质酵母细胞，主要由落下的泡盖和最后沉降下来的酵母细胞组成，混油蛋白质和酒花树脂的析出物以及其他杂质，故此层酵母都呈现灰褐色，不够纯净，分离后可作饲料或进行其他综合利用。
中层为核心酵母，是酵母旺盛时期沉淀下来的，由健壮、发酵力强的酵母细胞组成，其量占65%~70%，酵母很新鲜，发酵力强，夹杂物少，应单独取出留作下批种酵母用，颜色较浅。
下层为弱细胞和死细胞，由最初沉淀下来的颗粒组成，如酒花树脂、凝固物颗粒等，混有大量沉渣杂质，可作为饲料或弃之不用。
理论上可以按层回收，但实际上操作难度较大。实践中通常先排出底层酵母和沉积物，然后再排出中层优质酵母。
酵母回收的操作程序是：
- 在清洗干净后的酵母罐中接入存放酵母用的冷却麦汁。
- 对酵母回收管道进行清洗灭菌。
- 酵母罐用无菌压缩空气背压0.1~0.15MPa。
- 清洗回收管道。
离心机回收
利用酵母和发酵液的相对密度不同，可采用离心机分离酒液和酵母。 此方法的特点是：操作方便，回收量大，无需低温沉降时间。但酒液的温度会升高，容易吸氧，酵母死亡率增大。
后处理
酵母在回收后需要进行洗涤并进行保藏，详情参见酵母的保藏#泥装酵母的保藏